CMD и .bat это не рулят, всё решает Microsoft PowerShell от администратора или python - m перед Pyinstaller у меня есть кэш... точно сказать не могу но запустив PowerShell
cd C:\CodeMaster\Qt5\Shifr
python -m PyInstaller --icon=icon.ico -w --onefile --name "LLlufp" main.py