Можно вообще как поступить - запускаете php-cli при старте системы, там бесконечный цикл с задержкой по 1-5сек на итерации, чтобы сильно не вешать базу, скрипт постоянным коннектом к mysql, ваш сайт в mysql задачки закидывает, а фоновый обработчик ловит задачки, ставит статус типа выполняется, запускает в фон еще один скрипт и всё, а тот скрипт уже статус ставит что выполнено, тем временем основной скрипт запускает еще какие-то задачки....