В Вашем случае Runtime.getRuntime().exec порождает аж 3 процесса разных и у каждого свое окружение.
Можете почитать
это и соответсвенно вызвать единожды bash, получить getInputStream() и getOutputStream() а дальше скармливать нужные команды в стримы и читать из них.
А вообще рекомендую смотреть в сторону ProcessBuilder, с ним проще и удобнее.
Еще как вариант можно схитрить, сделать в %temp% скрипт, выполнить его, удалить этот скрипт после выполнения.