Поговаривают, что в основе классов все равно лежат обычные es5 прототипы, да и даже если и нет, все равно все компилят код бабелем в старый стандарт es5 для кроссбраузерности.
Так что в функциональности разницы нет, а в удобстве наверное классы симпатичнее.