Смотря как вы вообще формируете SQL запросы и от вашего конкретного случая, но общий принцип таков: смотрим какие выбраны фильтры, формируем запрос добавляя к нему условия.
В примитивном виде это может быть формирование SQL строки серией if, if-else или swich-case.
Например выбраны фильтры "цена от", "цена до", "категория 3". В коде есть условия "если активен фильтр 'цена от', то добавить к SQL строке ' AND price >= ?'. Если активен фильтр 'цена до', то добавить ' AND price <= ?'." И тп.