Сложно что-либо сказать с учетом того, что вы ничего не предоставили... никаких логов...
Полезные ссылки:
Если у вас установлен плагин WPML -
https://wpml.org/forums/topic/product-categories-i...
https://wpml.org/forums/topic/woocommerce-product-...
Вот тут, тоже полезная информация. Возможно, это не связано напрямую с WC, а связано с БД. Проверьте целостность таблиц БД WP.
Ссылка -
https://wordpress.org/support/topic-tag/categories...
https://wordpress.org/support/topic/categories-and...
Также сделайте простой дебаг:
Включите wp_debug в wp-config. Исправьте ошибки.
Там же включите режим восстановления / проверки целостности таблиц ВП
Поочередно отключайте плагины, чтобы исключить факт конфликта
Попробуйте сменить тему
Обновите плагины и тему и ВП