Я нашел несколько вариантов, но может есть какой то оптимальный?
1) Все в одном (минусы - все в кучу)
2) По папкам-моделям (то есть все что относится к users в папку migrations/users/* и тд)(минус - вместо просто migrate нужно забивать migrate --path=/database/migrations/*, при этом если будет папка в самом users, то оно уже не сработает и таким образом просто можно забыть что то добавить)
3) По папкам-релизам (например, папка rel1, rel2, ... (удобно, но то же вроде в каше, но структурированной))
?!??!??!?!?!?!?!?
Миграции накатываются по порядку добавления, то есть сначала одно, потом с учетом этого одного другое и так шаг за шагом они меняются