Кое-что сделать можно, но все условия средствами Cleave.js вы не пропишете.
Потому что широта и долгота могут, например, использовать суффиксы N/S, E/W, а могут - знак "минус" для южного и западного полушария. И сам формат ввода может быть в форме градусов с десятичными долями, градусов и минут с десятичными долями, градусов, минут, секунд. Десятичные доли, при этом, могут быть с разной точностью.
Так что вам, вероятно, придется делать предварительный выбор формата в виде списка, а потом присваивать соответствующую маску input-у на основе выбранного.