Вы бы хоть сказали, в какой CMS правите модуль и что за модуль/обертка.
Если пользоваться чистыми знаниями PHP, то по принципу "есть что-то в свойстве - добавляем в строку":
$description = $item['description']
.(isset($item['category_title']) ? ', '.$item['category_title'] : '')
.(isset($item['city_name']) ? ', '.$item['city_name'] : '');
$this->setPageDescription($description);
PS: Вообще, добавлять какие-то сущности через запятую в метатегах характерно для keywords, а не для description. Но вы лучше видите предметную область, вам видней.