Нормально это не будет работать никак.
Для того, чтобы это хоть как-то работало нужно соблюсти ряд условий и ограничений:
1) Вы должны хорошо разбираться в nginx, чтобы развести root path в зависимости от адреса домена. Вы же не подумали, какая админка должна открываться по /bitrix/ ? Это уже не типовая конфигурация, которую Вам, к слову, еще и поддерживать.
2) Вы забудете об авторизации, то есть пользователь одного сайта это не пользователь другого сайта и переходя между страницами Вы потеряете авторизацию, ровно как и часть действий будет недоступна (например с сайта 1 вы не сможете редактировать статью У если она не на сайте 1, а на сайте 2, соответственно сайт 1 не будет видеть статей сайта 2 и наоборот). То есть - вся динамическая информация (записи инфоблоков и т.п.) должна переносится сразу (а не по 1-2 элемента)
3) Помимо этого еще и системные скрипты будут некорректно работать. Если на сайте нет авторизации, и только гости, то проблем вообще не будет, а если Вы таким образом захотите обновить интернет магазин, то займет это у Вас и времени и сил больше, чем написать с 0 новый и разработать скрипт миграции данных.
ИМХО, Ваша затея имеет место быть но в оочень редком случае (меньше 0.01%), а неудобств и ограничений Вы получите существенно больше.
Поверьте, я знаю о чем говорю - мы обслуживали 2 портала Битиркс24 (коробочная версия), на одном из которых Была 15 версия с CRM, а на другом 17 с остальной частью портала.