В проекте стараемся выделять доменные пакеты. Есть сервисы, с которыми можно работать другим пакетам, а есть лишь внутренние сервисы (там скрыта частная реализация фишечек).
Как вы выделяете (предостерегаете других программистов пользоваться сервисами за рамками пакета) внутренние сервисы пакета?
Переносите в поддиректории, пишете phpDoc? Есть сложившиеся традиции на этот счет?