У вас там какая то библиотека, которая строит эту карту по заданному JSON.
Нужно смотреть эту библиотеку
UPD.
Библиотека Raphael вот тут инициализируется google_yandex/karta/js/init.js
Добавляете новый параметр цвета в JSON например
color: "#fff"
а потом в init.js
colors[obj.id] = paths[country].color