Перезаписывайте значение целиком - то есть, при клике на любой элемент надо обойти и все остальные, которые активны, и получить данные из них:
const inputSelector = '.hidden_field';
const itemSelector = '.item';
const activeClass = 'active';
// как это может выглядеть с использованием jquery
const $items = $(itemSelector).click(function() {
$(this).toggleClass(activeClass);
$(inputSelector).val($items
.filter(`.${activeClass}`)
.get()
.map(n => $(n).text())
.join(', ')
);
});
// или, к чёрту jquery
const items = [...document.querySelectorAll(itemSelector)];
items.forEach(n => n.addEventListener('click', onClick));
function onClick() {
this.classList.toggle(activeClass);
document.querySelector(inputSelector).value = items
.filter(n => n.classList.contains(activeClass))
.map(n => n.innerText)
.join(', ');
}