Есть два вопроса:
первый,необходимо создать белый список функций для использования юзером. чтобы были исключены такие функции как popen,pclose,exec,system,include и т.д.
Мало ли этим кто-нибудь занимался?
и второй, какие опасности может нанести код выполняемый через cmd.то есть исполняется php файл который вызывает cmd и далее выполняет какие-то инструкции.чем это может грозить?