uglify вполне достаточно для минификации js файла.
Для конкатенации я использую
gulp-js-import для того чтобы более гибко управлять вставкой js файлов, например
@import './project/js/plugins/jquery.js'
Так же очень полезный для меня плагин это
gulp-file-include. С его помощью можно вставлять файлы и в html и в js. У меня была задача задать стили через js, с помощью этого плагина я писал стили в sass, gulp-sass генерировал минифицированный css файл и с помощью этого плагина я вставлял css с переменную js, получилось очень удобно.
var style = '@@include('./modules/airbender/style.css')';
$('head').append('<style type="text/css">'+ style +'</style>');