Тот эффект, что тебе нужен, называется параллакс (parallax), в интернете достаточно много таких библиотек, например,
skrollr. Вырезать по каждому пузырьку не надо, достаточно создать 2-3 слоя с пузырьками, которые будут двигаться с разной скоростью относительно друг друга.