Используйте любую программу для создания инсталляционных пакетов, либо родную майкрософтовскую, либо что нибудь стороннее типа
InnoSetup
Если ваши програмы уже имеют удобный инсталлятор которым можно управлять из командой строки, можно обойтись одним батником - Запуск инсталляторов нужных программ в "тихом" режиме, и установка сертификата.
Установить сертификат из командой строки можно с помощью утилиты Certmgr.exe
Иногда если программы не сильно сложные для создания полноценного инсталлятора хватает банального winrar или 7z
Вообще инсталляция любой программы это-
- Распаковка нужных файлов в нужные места (легко решается с помощью архиватора)
- Регистрация библиотек - это можно сделать из командной строки.
- Внесение записей в реестр если нужно- опять же батник поможет
- Создание ярлыков
- Выполнение каких-то дополнительных действий - например в вашем случае импорт сертификата.