рискну предположить (не уверен до конца)
При работе с chmod - никаких.
При редактировании sticky bit - могут возникнуть сложности, но не уверен.
При работе с каким-нибудь selinux или иной песочницей - надо тянуть на другой дистрибутив и конфиг, синтаксис может отличаться