Динамически создаю одинаковые экземпляры класса (это обязательно) ... удалить или изменить свойства всех когда-либо созданных экземпляров класса NewLay - не знаю как правильно написать синтаксис. Может через прототип как то?
Если вы про объекты js, то вам нужно где-то сохранить ссылки на них. Если ссылок нет - объекты проживут не долго, их сборщик мусора удалит. А если он их удалил - изменять нечего.
Если вы хотите изменить HTML-элементы с классом it_is_new_lay, то как-то так:
$('.it_is_new_lay').each(function(){
let elem = $(this)
elem.html( 'hello ' + elem.html() )
})
lay = new NewLay();
lay = new NewLay();
lay = new NewLay();
вы каждый раз полностью перезаписываете содержимое переменной, и у вас там останется только самое последнее значение.