1. Попробуйте chmod($file, 0644); (где $file= полный путь к файлу. В вашем примере /img/имя_файла неправильный путь)
2. Пишите хостинг-провайдеру. Это баг. Загруженный файл должен иметь 644 если не ошибаюсь.
@belka1906 хорошо, теперь попробуйте выполнить exec ('chmod 0755 ваш_файл'), после этого опять print exec('ls -la /home/s/qqq.hut2.ru/WWW/version3/img/1385126513_Koala.jpg'), посмотрите, изменились ли права.