Видимо нужно его в гит добавить.
Либо на продакшене есть уже свой env файл, имеющий уникальные настройки для PROD - тогда можно добавить в гит оба варианта, и при деплое проверять какой деплоить.
Также есть вероятность, что в этом файле может быть sensitive данные в открытом виде, тогда его в гит добавлять нельзя.
Задачу для себя подробно составьте и от нее и отталкивайтесь.