JWT это возможность подписать нужный тебе "текст", отдать кому то и проверить его (что он не был изменен) в дальнейшем когда он тебе придет обратно. Много проектов его используют, полет нормальный.
Пароли в нем не хранят, как и любую приватную информацию, ведь любой JWT можно просмотреть без ключа.
А утечка secret key это не проблема JWT, а вашей организации.
P.S. шифрование и JWT мало чем связанны, а ключ - это всего лишь подпись, его утечка ведет за собой возможность подделать токен