Попробуйте добавить в хеде:
CJSCore::Init ();
Если не поможет, То в init пропишите
AddEventHandler("main", "OnEndBufferContent", "deleteKernelJs");
function deleteKernelJs(&$content) {
global $USER, $APPLICATION;
if((is_object($USER) && $USER->IsAuthorized()) || strpos($APPLICATION->GetCurDir(), "/bitrix/")!==false) return;
if($APPLICATION->GetProperty("save_kernel") == "Y") return;
$arPatternsToRemove = Array(
'/<sc ript.+?src=".+?kernel_main\/kernel_main\.js\?\d+"><\/sc ript\>/',
'/<sc ript.+?src=".+?bitrix\/js\/main\/core\/core[^"]+"><\/sc ript\>/',
'/<sc ript.+?>BX\.(setCSSList|setJSList)\(\[.+?\]\).*?<\/sc ript>/',
'/<sc ript.+?>if\(\!window\.BX\)window\.BX.+?<\/sc ript>/',
'/<sc ript[^>]+?>\(window\.BX\|\|top\.BX\)\.message[^<]+<\/sc ript>/',
);
$content = preg_replace($arPatternsToRemove, "", $content);
$content = preg_replace("/\n{2,}/", "\n\n", $content);
}
Это старая бага, была в одой из версий. Можно просто битрикс обновить :)