Вы можете добавить метод на стандартный класс Array, так как это уже описали(хотя дополнять стандартные классы не рекомендуется) или создать свой класс на основе Array
class CustomArray extends Array {
square() {....}
}
let numbers = new CustomArray(1, 23, 3);
numbers.square()
или если по каким-то причинам вы не можете изменить определение numbers(или просто не хотите)
class CustomArray {
square() {....}
}
CustomArray.prototype.square.call(numbers); // вторым аргументом можно передать аргументы, если они принимаются методом