Есть таблица значения левой колонки которой формируются их php, все остальные значения пользователь заполняет самостоятельно. Как мне средствами php собрать все данные из таблицы и засунуть их массив для дальнейшего сравнения и записи в БД?
То что заполняет пользователь, это поля формы. По нажатию кнопки "сохранить" отправьте их значения Ajax-запросом на php-скрипт-обработчик. Он получит данные из переданного запроса и запишет их в БД.
Строго говоря, одним php тут не обойдешься, так как php-скрипт работает на сервере (и БД тоже), а все остальное исполняется в браузере, тут "работают" HTML/JS.