Вот у вас есть директория javascripts - туда складывайте весь JS.
Файлы "сервера" кладите отдельно, вне папки в которой пробегает webpack, либо укажите директорию внутри public/javascript/например_server - как исключение, по которой webpack'у ходить будет не нужно.
p.s. вообще вопрос не самый удачный. Если вы хотите вклинить реакт в уже рабочий проект (например на ROR), то храните как хотите, лишь бы вам было удобно.
Если же проект с нуля, то самая обычная структура, это папка src/ для всех файлов проекта на react, где-то рядом в соседях (или в другой вообще директории) - ваш сервер.