Что делать?
Пересматривать ЧПУ и структуру разделов. Как вариант - задать везде нужные уровни, т.е. взять вышестоящую маску и у всех дочерних разделов следующего уровня проставить их в соответствии маске.
Во вкладке SEO, когда меняю пункты META и оставляю галочку на "Изменить для этого раздела и его подразделов", то изменения сохраняются, но они еще сохраняются в подразделов. Мне этого не надо, потому что у каждого подраздела будут свои МЕТА пункты.
По-умолчанию, SEO-элементы наследуются от родителя.
Т.е. если у вас структура - 1 - 2 - 3 и вы задали ее у 1, то у 2 и 3 она будет одинаковая, как и у первого уровня.
Если затем Вы изменили значение для пункта 2, то и у 3 пункт изменится на значение 2.