Из замечаний, все команды лучше писать с указанием полного пути до бинарей.
Если скрипт запускается просто "дерганием" определенного контроллера, то в качестве задания достаточно просто указать его вызов CURL'ом.
Что то вроде
01 05 * * * user /usr/bin/curl -s http://yourserver.com/controller >> /path/to/file.log