Gulp-cli нужен, чтобы в консоли можно было обращаться прямо к gulp, иначе пришлось бы писать что-то типа npm run ..., node gulpfile.js... Теперь можно писать gulp sass (например), и все. Папка node_modules должна появится, это модули, которые нужны для галпа, в частности, для работы, но она ВООБЩЕ не нужна на сервере! И не вздумайте ее пихать в гит или отсылать программистам)) Отсылать проект надо с package.json, и остальными папками, в которых Вы работаете, аля src, и плюс всякие там .babelrc, .gitignore, readme.md и так далее.