Самый простой вариант:
| id | json_data |
|------|-------------|
| 1 | ... |
По id всегда можно получить конкретную таблицу, хранить данные одной конкретной таблицы можно в json. Для редактирования этих данных вы все равно будете брать всю таблицу на вывод, поэтому перезаписывать json целиком вполне ок.
Если use case более сложный – приводите больше деталей. Тогда и ответы будут более точными.