Связано с тем, что в принципе ip адресация не имеет ничего общего с местоположением по глобусу.
geoip выкручиваются полагая, что блоки ip адресов обычно никуда внезапно не переезжают и создают таблицу соответствия, какие ip где наверное располагаются физически. Иногда угадывают, иногда нет. Соответственно вы видите банально разные базы geoip (или даже разные версии одной и той же базы)