Вместо общего isActive добавьте такое свойство каждому элементу в arr, и меняйте его:
<div v-for="(n, i) in arr" class="block-calculations__panel">
<span
:data-col="i"
:class="{ active: n.isActive }"
@click="n.isActive = !n.isActive"
></span>
</div>
UPD. А, так вам надо, чтобы активным мог быть только один элемент... Переименуйте isActive в просто active, это будет индекс кликнутого элемента. Класс назначайте в случае равенства текущего индекса и active:
<div v-for="(n, i) in arr" class="block-calculations__panel">
<span
:data-col="i"
:class="{ active: active === i }"
@click="active = active === i ? null : i"
></span>
</div>