Если я правильно понимаю, то при компиляции все .ts файлы создают файлы с таким же именем, но с расширением .js и все эти .js файлы можно после компиляции закидывать в папку dist и указать это можно в tsconfig.json, так написано в документации. А что делать, если хранить все .js файлы в одной папке не вариант? Что делать, если файлы должны быть расположены в разных папках. Можно конечно просто настроить, чтобы сразу рядом с .ts файлом был .js файл, но это выглядит как-то странно. Есть ли другие пути?
Если речь о nodejs (если верить тэгам), то надо просто запускать вот так: ts-node ./index.ts (ts-node), скомпилированных файлов вы при этом даже не увидите.
Если паче чаяния речь о фронтенде, то сборкой занимается бандлер (чаще всего webpack), опять же промежуточные скомпилированные файлы при этом не видны.