Для начала задайтесь вопросом какие проблемы решает spring boot от обычного spring. Дальше проанализируйте для какого проекта все задумывается. Выводом будет то что для мелких проектов или экспериментов или просто не отвлекаться на "спагетти" xml то использовать однозначно boot, во всех других случаях чистый spring.
Касательно idea, ну к примеру вдруг вам придется работать не в idea, или появится необходимость использовать что то особенное то вы останетесь без волшебной кнопки "ide, сделай за меня хорошо" и потратите уйму времени чтобы создать скелет проекта. Как то так.