Paka, могу предложить следующее:
- создать для каждой таблицы копии (user => user_new) но уже с нужной кодировкой (utf8)
- запросами перегнать данные ( INSER INTO user_new SELECT * FROM user;)
- удалить старые таблицы (user)
- переименовать новый (user_new => user)
Дополнительно, настройте сервер (если есть такая возможность) указав нужную кодировку по умолчанию