Работать с директориями на сервере может только серверный язык. PHP вам в помощь, можете с помощью него читать содержимое скриптов, кодировать его, отдавать клиенту и там уже декодировать и запускать.
JS это чисто клиентский язык, который вообще не имеет понятия, что происходит на сервере и уж тем более не имеет доступа. Если конечно речь идет не о Node.js