Почти все говорят, что смысла нет и даже вредно.
Но если решите, то в докер контейнере запускать надо не pm2, а pm2-docker, который в комплекте с pm2 идет.
Алексей Ярков, тогда просто не понятно чем возместить отказ от PM2 в таком стеке. Докер выглядит интересным, но стоит ли его осваивание усилий? Конечная цель - быстрый деплой по нескольку однообразных приложений (NodeJS+Mongo+Redis+nginx) в день, с разворачиванием для каждого своей БД, настройка веб-серверов, мониторинга и тд.