Спустя день появилась страница index.html, когда появятся остальные и вообще они появятся?
Заранее нельзя вам ответить точно, это только поисковик знает. Обычно в течение 1-2 недель.
Когда будет переиндексация
Яндекс обычно довольно медлительный в плане индексации вообще и переиндексации в частности. Обычно в течение месяца всё это постепенно происходит.
или нужно ее как-то "заказать" ?
Заказывать не нужно. Главное что бы новые страницы все были в sitemap.xml а старых не было и если старые отдают 404 ошибку то на них не должно быть ссылок на сайте вообще.