Если у вас директория phpmyadmin лежит в директории /opt/data/phpmyadmin, то nginx конфиг получится примерно такой:
server {
listen 80;
server_name pma.local;
root /opt/data/phpmyadmin;
index index.php;
location / {
try_files $uri $uri/ /index.php?$args;
}
location ~ \.php$ {
include fastcgi_params;
fastcgi_param SCRIPT_FILENAME $document_root$fastcgi_script_name;
fastcgi_pass unix:/var/run/php5-fpm.sock;
try_files $uri =404;
}
}
Вы же приводите только кусок из конфига и по нему ничего не "отгадаешь".
Если вам нужно завести phpmyadmin в папке какого-то уже действующего server, то стоит скинуть полный код для более подробного понимания проблемы.