В javafx у всех нод есть универсальный метод setUserData(object) и getUserData(). Вот самый простой способ будет что то типа combobox.setUserData(anchorPane2.getHeight() ) а потом уже непосредственно в самом методе куда передается только комбобокс получить его getUserData().
Другой вариант это двигаться по вашему пути, я так понимаю что mainParrent это так сказать root окна, тогда получаете ноды в нем, вытаскиваете оттуда scrollPane, у scrollPane получаете ноды и берете в нем anchorPane2, у anchorPane2 получаете нужное свойство.