vasil77, css файлы "перебивают" друг-друга по определенным правилам (приоритетам) не зависимым от bootstrap. Это спецификация css. seodon.ru/css/prioritety-stilej.php
Так что все зависит от того как Вы их переопределите и в каком порядке css файлы подключите.
Максим Тимофеев, ну соответственно бустрап css подключается первым далее идёт свой css файл. Ну если бутстрап css не будет перебивать кастомный css, тогда я попробую так сделать. спасибо)