В общем случае никто не мешает вызывать одну и ту же функцию из разных потоков.
Я не в курсе реализации CALLBACK v8 JavaScript Engine. Если вы пытаетесь использовать функцию не стандартным образом, то вы должны соблюсти весь протокол ее использования.
Если есть доступ к исходникам попробуйте отладить функцию.
Скорее всего ошибка происходит уже внутри функции, возможно доступ за пределы выделенной памяти или по не верному указателю.