при появлении меню сделайте так:
<div id="wrapper-menu"></div>
<div id="menu">Ваше меню</div>
для wrapper-menu z-index: 1 (так же высота и ширина должна быть 100%)
для menu z-index: 2
Получается, что "под" вашем меню есть подкладка и вы можете отслеживать клики по ней