1) Нет нормального "С" индексера и его интеграции с редактором! Плохо раскрывает макросы, например.
2) Нет интеграции много с чем напрямую из коробки. Экосистема плагинов находится в зачаточном состоянии.
3) Параллельная отладка гетерогенного кода, на разных языках затруднительна. С эклипсом нет проблем
например параллельно работать с baremetal C-кодом микроконтроллера и "пилить" что нибудь на PyDev'е. Я не говорю уж об интеграции с Java.
