<?php
$row_number = 0; //номер строки которую удаляем
$file_out = file("file.csv"); // Считываем весь файл в массив
//записываем нужную строку в файл
file_put_contents("file2.csv", $file_out[$row_number], FILE_APPEND);
//удаляем записаную строчку
unset($file_out[$row_number]);
//записали остачу в файл
file_put_contents("file.csv", implode("", $file_out));
?>
$file_out = file("file.csv"); //читаем нужный файл
$file = array_splice($file, 3); //удаляем 3 строки
file_put_contents("file.csv", implode("", $file)); //сохраняем в этот же файл