Всем спасибо за помощь.Решил уже сам.
Все оказалось гораздо проще.В данном случае мне предоставили уже кем-то сделанный шаблон, и человек писавший код что-то перемудрил.
Проблема решилась тем, что я убрал напрочь этот кусок кода:
jQuery('#scrollToContent').click(function(e){
e.preventDefault();
jQuery.scrollTo("#portfolio", 1000, { offset:-(jQuery('#header .top').height()), axis:'y' });
});
jQuery('nav > ul > li > a').click(function(e){
e.preventDefault();
jQuery.scrollTo(jQuery(this).attr('href'), 400, { offset:-(jQuery('#header .top').height()), axis:'y' });
})