Если ардуина на МК, который аппаратно поддерживает USB (например платы на STM32F103 смогут, или Arduino Due), то можно.
Но! Рулить будете уже не ардуино командами, а обычным си для МК. Надо будет вникать чуть глубже, чем написание команд высокого уровня.
Если это будете делать, то уже скорее всего просто выкинете оболочку ардуины и будете программировать, как под обычный МК :)
___
UPD, похоже
Due на уровне оболочки ардуины даже позволит реализовать вашу хотелку с библиотекой
USBHost
Есть и ее
китайский клон, конечно же.
Средний
