Для начала надо выбрать технологию. Как карту строить будете? Например это может быть svg, тогда с заливкой проблем вообще нет, тупо css fill: red;
Если canvas, то его же методами и красим.
Если карта - просто картинка, тут нужно иммунитет от геморроя иметь. И накладывать поверх тот же svg, например, с сгенерированным path.