1. В структуре БД понадобится колонка "parent_id":
ID - автоинкремент, уникальный ID комментария
parent_ID - уникальный ID родительского комментария
object_ID - уникальный ID страницы/записи/объекта, к которому комментарий относится
... - остальные колонки
2. Как выводить деревья знает гугл.