Вот
здесь предлагается использовать словарь с ключами-вершинами и значениями - списками смежных вершин.
Сериализация - на ваш вкус, хоть в JSON.
import json
g = {
'A': ['B', 'C'],
'B': ['C', 'D'],
'C': ['D'],
'D': ['C'],
'E': ['F'],
'F': ['C']
}
output = json.dumps(g)